Жители маленького поселка Александровский (потом переименованного в Новониколаевский) в 1895 году решили построить первую церковь. Умные жители придумали интересный способ привлечь спонсора - назвать храм "Александровским" в честь царя Александра III, чтобы государь в поддержке точно не отказал. Так и получилось: польщенный царь выделил большой участок земли и крупную сумму денег на строительство.
Место для храма выбрали неслучайно: возвышение издали было видно не только горожанам, но и пароходам на Оби, и проезжающим поездам. Строительство по традиции начиналось с закладного камня. Но первый камень Храма Невского и по сей день лежит отдельно и с ним связана целая легенда. Камень выбрали большой и очень тяжелый. Нести в руках его было невозможно, поэтому погрузили на тележку и повезли. Когда носильщики были уже совсем близко к желаемому месту, тележка вдруг развалилась и камень упал на землю. Поднять его так и не смогли. Показалось, что так сам Бог показал место для храма. Но упрямые горожане все равно решили не согласиться. И построили храм там, где задумали.
А закладной камень и сегодня можно лежит на Красном проспекте, справа от входа в городскую детскую больницу скорой медицинской помощи, как раз в 150 метрах от самого Собора.
Так было заложено самое первое в Новосибирске каменное здание. Храм построили быстро - всего за три года. Собор освятили в 1899 году. Спонсорская помощь царя очень помогла. Даже иконы и парчу для одежды священников подарили члены царской семьи. Но с приходом советской власти и антирелигиозной идеологии в 1938 году храм закрыли. Крест срубили, а купол выкрасили зеленой краской. И дважды храм пытались взорвать, но каждый раз что-то не срабатывало, и чудом храм устоял. Разрушили только звонницу.
Тогда его перепланировали внутри и устроили там сначала проектный институт, потом - воинскую часть, потом - студию кинохроники. И даже подготовили проект окончательной реконструкции храма в концертный зал для камерного хора. Но денег на ремонт не хватило. И дальше начался долгий спор власти и общественности - активные горожане требовали вернуть православному храму его истинное предназначение. И только в 1990 году Собор во имя Александра Невского вернули Новосибирской епархии.
Сегодня Храм Александра Невского занимает особое место в самом начале главной улицы Новосибирска. Этот храм с византийскими чертами называют "воротами города". Говорят, что если приглядеться к храму поближе, можно увидеть много сходств с церковью Ликующей Божьей Матери в Санкт-Петербурге.